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Genomas del coronavirus Covid-19 en Github

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El aumento de muertes y mutaciones del virus han acelerado la búsqueda de vacunas. Debido a la gran cantidad de mutaciones existentes del virus, se ha dado una ardua tarea mundial de la búsqueda y seguimiento de los genomas del coronavirus Covid-19 a fin de obtener la vacuna adecuada y así frenar la pandemia que ya ha tenido más de 3000 muertos solo en China y varios más en otros lados del mundo, siendo los más afectados Irán, Italia, Japón, Corea del Sur y Taiwán.

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Los más recientes descubrimientos han mostrado relaciones evolutivas de los virus HCoV-19 de la nueva pandemia de coronavirus. Todas las muestras aún están estrechamente relacionadas con pocas mutaciones en relación con un ancestro común, lo que sugiere un ancestro común se compartió en algún momento alrededor de noviembre a diciembre de 2019. Esto significa que la primera infección humana debió iniciar en los meses de noviembre-diciembre de 2019 seguida de una transmisión ininterrumpida de humano a humano generando así nuevas muestras.

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Esquema de 172 genomas, obtenidos del Covid-19 entre Diciembre de 2019 a Marzo 2020. Nótese los colores de las muestras obtenidas con las del mapa. Fuente: Nextstrain

Definición del proyecto

La numeración del sitio y la estructura de los genomas del coronavirus Covid-19, utilizan como referencia el nombre Wuhan-Hu-1/2019. El genoma tiene sus raíces en relación con las primeras muestras de Wuhan. La resolución temporal supone una tasa de sustitución de nucleótidos de 5 × 10 ^ -4 por sitio por año. Los detalles completos sobre el procesamiento bioinformático se pueden encontrar en éste proyecto de Github

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.

Para comparar el contexto filogenético de nCoV en los betacoronavirus relacionados con el SARS, pandemia con otra estructura viral, podemos encontrarla aquí. La secuencia genética y los metadatos disponibles están disponibles gracias a sus autores, a través de GISAID

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, en los que se basa esta investigación.

El proyecto lo puedes clonar con el siguiente comando de git:

git clone https://github.com/nextstrain/ncov.git

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